RESUMO: O coqueiro é constituído de uma só espécie (Cocos nucifera L.) e de duas variedades principais, a gigante e a anã. É a palmeira mais amplamente distribuída e extensivamente cultivada, além de ser uma das mais importantes espécies tropicais utilizadas pelo homem. O sudeste asiático é o provável centro de origem da espécie. Do sudeste asiático, o coqueiro foi levado para a Índia e daí para o leste africano. Após o descobrimento do Cabo da Boa Esperança, a espécie foi levada para o oeste africano e, desta região, para as Américas e toda a região tropical do Globo. A variedade gigante foi introduzida no Brasil em 1553, proveniente da ilha de Cabo Verde, estimando-se uma área plantada de aproximadamente 300.000 ha. No Nordeste, onde se concentra a maior parte dos coqueirais brasileiros, há algumas populações de coqueiro gigante que foram implantadas há mais de 80 anos e que se conhece muito pouco sobre a sua variabilidade genética. As populações de coqueiro assim distribuídas foram se adaptando às diferentes condições de ambiente, tornando-as divergentes entre si e se caracterizando como ecótipos da variedade gigante. Marcadores baseados em DNA têm sido indicados como os mais adequados nos estudos de diversidade genética em coco e os marcadores microssatélites (SSR) têm se mostrado como ferramenta poderosa em análises de estrutura de populações. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a diversidade genética em dez populações de coqueiro gigante do Brasil por meio de 13 marcadores microssatélites (SSR). A diversidade genética medida em 195 indivíduos de dez populações de coqueiro gigante do Brasil produziu um total de 68 alelos, com média de 5,23 alelos por locos. A diversidade de Nei (D) média foi de 0,459 e a heterozigosidade observada média de 0,443. A diferenciação genética entre populações estimada foi q_P = 0,1600, com intervalo de confiança (95%) de 0,122 a 0,199. A taxa de cruzamento aparente estimada foi de t_a = 0,92% confirmando que a espécie se comporta como preferencialmente alógama. As estimativas de distâncias genéticas de Nei entre as populações variaram de 0,034 a 0,390. Com base nestas distâncias e no dendrograma correspondente propôs-se a formação de dois grupos, o primeiro formado pelas populações de Baia Formosa, Georgino Avelino e São José do Mipibu e o segundo pelas populações de Japoatã, Pacatuba e Praia do Forte, com as demais populações individualizadas. A correlação matricial entre as distâncias genéticas de Nei e as distâncias geográficas foi positiva (r = 0,598) e significativa a 1% de probabilidade (p = 0,0027) pelo teste de Mantel. Este resultado sugere uma estruturação espacial da variabilidade genética entre as populações. A comparação com dados de populações não brasileiras permitiu identificar os coqueiros gigantes brasileiros como de origem única, pertencentes ao Grupo Indo-Atlântico. A diversidade encontrada nos coqueiros brasileiros representa uma parte importante da diversidade das populações do grupo Indo-Atlântico.